Лицей-интернат был создан в 2000 году на базе Оренбургского государственного университета. В 2007 году по Указу Губернатора Оренбургской области был реорганизован в самостоятельное образовательное учреждение. Это дало возможность увеличить количество мест для одаренных старшеклассников области с 50 до 160 человек.
При поддержке областной администрации создана мощная современная материально-техническая база для талантливых ребят из сельской глубинки: комплекс зданий (учебный корпус и комфортабельное общежитие); лаборатории, оснащенные современным техническим оборудованием; мультимедийные классы с доступом в Интернет; спортивный, тренажерный и актовый залы; библиотека с выходом на информационные ресурсы высших учебных заведений; медицинский кабинет; комната психологической разгрузки. Учащиеся лицея-интерната обеспечиваются бесплатным пятиразовым питанием.
По итогам независимой оценки ГБУ ОШИ «Губернаторский многопрофильный лицей-интернат для одаренных детей Оренбуржья» вошел в топ-рейтинг российских школ повышенного уровня (11 место) и ТОП-500 лучших школ России.