Министерство сельского хозяйства и продовольствия Московской области является центральным исполнительным органом государственной власти Московской области специальной компетенции, осуществляющим исполнительно-распорядительную деятельность на территории Московской области в сферах развития сельского хозяйства, устойчивого развития сельских территорий, охоты и сохранения охотничьих ресурсов, осуществляющим федеральный государственный охотничий надзор на территории Московской области, за исключением особо охраняемых природных территорий федерального значения, а также в области охраны, воспроизводства и использования объектов животного мира и среды их обитания, а также осуществляющим региональный государственный надзор за техническим состоянием самоходных машин, осуществляющим управление и координацию деятельности в указанных сферах иных центральных исполнительных органов государственной власти Московской области, государственных органов Московской области и подведомственных государственных учреждений Московской области, образованных для реализации отдельных функций государственного управления Московской областью.
В структуру Министерства входят 7 Управлений и один самостоятельный отдел, реализующие основные полномочия Министерства в своей части.