Филиал на метрополитене является структурным подразделением ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве».
«Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве» является некоммерческой организацией – федеральным бюджетным учреждением здравоохранения Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве» было создано на основании Распоряжения Правительства РФ 13 января 2005 года и явилось правопреемником «Центра государственного санитарно-гигиенического надзора в г.Москве». Главной задачей Центра является обеспечение полномочий Управления Роспотребнадзора по городу Москве, направленных на поддержание санитарно-эпидемиологического благополучия и сохранение здоровья населения города Москвы.
Филиал ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии на метрополитене» обеспечивает государственный санитарно – эпидемиологический надзор на Метрополитене, Метрострое, а также расположенных на их территории юридических лиц. Оснащён испытательным лабораторным центром и аккредитован для проведения лабораторно – инструментальных исследований на Метрополитене и объектах Метростроя.