В целях формирования эффективной системы и структуры федеральных органов исполнительной власти Указом Президента России от 9 марта 2004 года № 314 "О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти" Федеральный горный и промышленный надзор России (Госгортехнадзор) был преобразован в Федеральную службу по технологическому надзору с передачей ему функций контроля и надзора преобразуемого Государственного комитета по строительству и жилищно-коммунальному комплексу и упраздняемого Министерства энергетики Российской Федерации.
Указом Президента России от 20 мая 2004 года № 649 "Вопросы структуры федеральных органов исполнительной власти" Федеральная служба по технологическому надзору и Федеральная служба по атомному надзору преобразованы в Федеральную службу по экологическому, технологическому и атомному надзору с подчинением непосредственно Правительству Российской Федерации.
Приказом Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору от 12.08.2004 № 179 "О территориальных органах Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору", создано Управление по технологическому и экологическому надзору Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору по Республике Марий Эл, которое объединило надзорные функции трех структур, в том числе Марийского горнотехнического отдела Госгортехнадзора России.
