Межрегиональная инспекция является территориальным органом, осуществляющим взаимодействие ФНС России с полномочным представителем Президента Российской Федерации в федеральном округе, проверки эффективности работы управлений ФНС России по субъектам Российской Федерации в федеральном округе по обеспечению правильности исчисления, полноты, своевременности внесения в соответствующий бюджет налогов и сборов, в случаях, предусмотренных законодательством Российской Федерации, за правильностью исчисления, полноты, своевременности внесения в соответствующий бюджет иных обязательных платежей, соблюдения валютного законодательства Российской Федерации, а также осуществляющим в пределах своей компетенции финансовый контроль за деятельностью территориальных налоговых органов, организаций, находящихся в ведении ФНС России, на территории субъектов Российской Федерации, входящих в федеральный округ.

В рамках реализации механизма реорганизации налоговых органов путем перехода на двухуровневую систему управления, Инспекция осуществляет следующие полномочия вышестоящего органа по отношению к Управлениям Федеральной налоговой службы по субъектам Российской Федерации, находящимся в границах Центрального федерального округа, в случае отсутствия на территории соответствующих субъектов Российской Федерации инспекций по районам, районам в городах, городам без районного деления, инспекций Федеральной налоговой службы межрайонного уровня, полномочия которых в установленной сфере деятельности осуществляют указанные Управления Федеральной налоговой службы по субъектам Российской Федерации, находящимся в границах Центрального федерального округа:

• рассмотрение жалоб (апелляционных жалоб) физических и юридических лиц на акты ненормативного характера Управлений Федеральной налоговой службы по субъектам Российской Федерации, находящимся в границах Центрального федерального округа, действия (бездействие) его должностных лиц;
• проведение повторных выездных налоговых проверок налогоплательщиков в порядке контроля за деятельностью Управлений Федеральной налоговой службы по субъектам Российской Федерации, находящимся в границах Центрального федерального округа;
• осуществление согласования запросов Управлений Федеральной налоговой службы по субъектам Российской Федерации, находящимся в границах Центрального федерального округа, в банках сведений по счетам физических лиц.