Со времени своего открытия, в 1932 г, Государственный музей истории религии находился в одном из старинных зданий центра Ленинграда-Петербурга — Казанском соборе. С наступлением XXI века в истории музея наступил новый этап. Музей переехал в здание на Почтамтской улице, обрёл новую жизнь, но сохранил свой уникальный и неповторимый характер. Аналогов Петербургскому музею истории религии в мире нет. Он поражает разнообразием фондов, образованных по конфессиональному принципу, в его коллекциях собраны экспонаты по истории религий от древнейших времён до наших дней, в экспозиции представлена эволюция религиозных верований от самых ранних форм до современности. Внимание научных сотрудников музея сосредоточено главным образом на изучении музейных предметов и коллекций.
Музей является федеральным государственным бюджетным учреждением культуры.