Целью функционирования учреждения является осуществление государственного санитарно-эпидемиологического надзора на территории Хабаровского края.
Главной задачей Центра является обеспечение полномочий Управления Роспотребнадзора по Хабаровскому краю, направленных на поддержание санитарно-эпидемиологического благополучия и сохранение здоровья населения Хабаровского края.