Целью деятельности НИИ Системных исследований РАН являются:

- фундаментальные, поисковые и прикладные научные исследования и разработки в области нанотехнологий, информационных и телекоммуникационных технологий, вычислительных систем, математики, физики и информатики;

- обеспечение опережающего научно-технологического развития и ускоренного внедрения в производство и эксплуатацию научных разработок;

- проведение полного цикла научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, включая создание промышленных образцов и линий мелкосерийного производства по приоритетным направлениям развития науки, технологий и техники в Российской Федерации.