Образован в 1942 г. постановлением Совнаркома СССР как Московский механический институт боеприпасов. В образовании института непосредственное участие принял И.В.Курчатов. Первый набор осуществлен переводом студентов из 23 московских и ленинградских вузов. К учебным занятиям были привлечены А.И.Лейпунский, И.К.Кикоин, И.Е.Тамм, Л.А.Арцимович, М.А.Леонтович, М.Д.Миллионщиков, А.Б.Мигдал, И.Я.Померанчук, Я.А.Смородинский, А.Н.Тихонов. В 1947 года открыты советы по защите кандидатских и докторских диссертаций. В 1951 г. в институте сосредоточена вся подготовка инженеров-физиков; в него переведены инженерно-физические факультеты других вузов. В 1952 г. созданы отделения и филиалы института в закрытых городах Министерства атомной промышленности. В 1953 г. переименован в Московский инженерно-физический институт (МИФИ). В 1962 г. открыт комплекс зданий МИФИ по Каширскому шоссе. В 1967 г. пущен исследовательский реактор МИФИ. С 1993 г. - Московский государственный инженерно-физический институт (технический университет). С 2003 г. - Московский инженерно-физический институт (государственный университет)
В настоящее время МИФИ - базовое высшее учебное заведение атомной промышленности России, предназначенное для подготовки инженеров: физиков, математиков, системотехников - инженеров-исследователей, обладающих глубокими знаниями физико-математических дисциплин в сочетании с серьезной инженерной подготовкой.